Cette année, 1674, le P7re de la Colombière arrivait à Paray-le-Monial. C’était un saint religieux plein de zèle et de piété et il était ce serviteur dont le divin Sauveur avait parlé à la Bienheureuse. Elle le comprit par intuition la première fois qu'elle le vit, et sur l'ordre de la Mère de Saumaise elle s'ouvrit entièrement à lui, et le Père de la Colombière reconnut les voies de Dieu et engagea Marguerite-Marie à se livrer à ces attraits surnaturels. La fête de Noêl étant arrivée, la Bienheureuse eut une nouvelle extase. Le Sauveur lui découvrait successivement ses desseins. Le divin Cœur lui apparut cette fois comme un trône tout de feu et de flammes, rayonnant de toutes parts et transparent comme un cristal. La plaie qu'il reçut sur la croix y paraissait visiblement. Il y avait une couronne d'épines autour de ce Sacré-Cœur et une croix au dessus pour faire entendre que son amour était la source de ses souffrances. Il dit à la Bienheureuse que le grand désir qu'il avait d'être parfaitement ami des hommes lui avait fait former le dessein de leur manifester son cœur et qu'il prendrait un singulier plaisir d'être honoré sous la figure de ce cœur de chair dont il voulait que l'image fût exposée aux regards afin de toucher les cœurs insensibles. «Voilà, ma fille», ajouta-t-il, «le but pour lequel je t'ai accordé de si grandes grâces». Dans une autre extase, le jour de la fête du Sacré-Cœur de Marie, établie depuis peu, le divin Sauveur lui révéla qu'il avait choisi le Père de la Colombière pour l'aider, et un des jours de l'octave du Saint-Sacrement il finit par lui découvrir complètement ce qu'il voulait d'elle. Lui montrant son cœur: «Voilà», dit-il, «ce cœur qui a tant aimé les hommes, qu'il n'a rien épargné jusqu'à s'épuiser et se consumer pour leur témoigner son amour ; et en reconnaissance, je ne reçois de la plupart que des ingratitudes ; car ils ne cessent de m'outrager par leurs irrévérences et leur ingratitude, et par les froideurs et les mépris qu'ils ont pour moi dans ce sacrement d'amour. Mais ce qui m'est encore plus sensible, c'est que ce sont des cœurs qui me sont consacrés qui en usent ainsi. C'est pour cela que je te demande que le premier vendredi d'après l'octave du Saint-Sacrement soit dédié à une fête particulière pour honorer mon Cœur, en communiant ce jour-là, et en lui faisant amende honorable afin de réparer les indignités qu'il a reçues pendant le temps qu'il a été exposé sur les autels. Je te promets aussi que mon Cœur se dilatera pour répandre avec abondance les influences de son divin amour sur ceux qui lui rendront cet honneur et qui procureront qu'il lui soit rendu ».
Le Père de la Colombière, averti de ce qui s'était passé et du rôle qui lui était assigné dans les desseins de Dieu, fit dès ce moment sa plus douce occupation de faire connaître et aimer le cœur de Jésus. Il semblait que les obstacles allaient disparaître ; mais par un secret dessein de Dieu, il en fut tout autrement. Son crédit, dès lors, baissa dans le monastère, et il reçut de ses supérieurs l'ordre de partir pour l'Angleterre.
Dans cette contrée, le saint religieux, dont nous n'avons pas à raconter les actions, eut de rudes épreuves à subir ; il fut soutenu par les lumières de la Bienheureuse et établit dans cette contrée la dévotion du Sacré-Cœur. Pendant ce temps, Marguerite-Marie devenait une victime : Notre-Seigneur n'était pas content de la communauté où elle vivait et c'est elle qui fut choisie par le divin Sauveur pour arrêter sa justice. Elle eut à endurer des souffrances inouïes. Sa santé en souffrit de cruelles atteintes ; son estomac ne pouvait plus supporter aucune nourriture et on lui donna l'ordre de manger de tout ce qui serait servi. Enfin, la Mère Saumaise lui ordonna de demander dans sa communion d'être rétablie dans son état primitif. Elle l'obtint, mais ce fut pour endurer de nouvelles souffrances.
On était en 1678, et il fallait pourvoir, d'après les règles de la Visitation, au remplacement de la Mère de Saumaise. Les religieuses choisirent la Mère Péronne-Rosalie Greyfié, de la maison d'Annecy. Quand elle fut arrivée à Paray, le 17 juin 1678, on trouva en elle un esprit solide, un cœur plein de tendresse pour toutes ses filles et une vigilance clairvoyante sur les sœurs et les malades. Elle était fort éclairée et fort intérieure dans la conduite des âmes. Elle eut bien vite compris les secrets de la miséricorde divine sur la bienheureuse Marguerite-Marie. Jésus-Christ la comblait de plus en plus de douceurs ineffables, la récompensant par là de toutes les humiliations qui lui venaient de l'extérieur et la préparant aux grands combats qui lui restaient à soutenir pour l'exaltation du Sacré-Cœur.
Cependant le Père de la Colombière était revenu d'Angleterre, où il avait eu fort à souffrir, compromis qu'il avait été dans un prétendu complot papiste qui avait amené une condamnation de mort, pour cinq de ses confrères. Il vint en passant à Paray-le-Monial, visiter la bienheureuse Marguerite-Marie, ce qui fut pour elle une nouvelle occasion d'humiliations. Il fut appelé à Lyon par ses supérieurs, et il écrivit à Marguerite-Marie, à de rares occasions et toujours pour des sujets qui avaient trait à la gloire de Dieu et au bien des âmes. Peu de temps après, ce généreux missionnaire revint à Paray-le-Monial pour y mourir. Les fatigues l'avaient usé, et la Bienheureuse lui avait dit que Dieu voulait le sacrifice de sa vie.
Les épreuves de la Bienheureuse n'étaient pas terminées. «Je te veux être toute chose», lui avait dit Notre-Seigneur, «je serai ta joie et ta consolation, mais aussi ton supplice». En conséquence, il laissa appesantir sur elle sa sainteté de justice et sa sainteté d'amour, et elle avoua que sans un secours extraordinaire du ciel, elle eût été bientôt accablée. Elle éprouvait la sainteté d'amour en faveur des âmes du purgatoire, et la sainteté de justice toutes les fois qu'il y avait quelques âmes à sauver, un scandale à expier, un malheur à conjurer, une victoire à obtenir pour Jésus-Christ. Ce fut surtout pendant les années qui s'écoulèrent avant le triomphe complet du Sacré-Cœur qu'elle éprouva ces mystérieuses souffrances. Le carnaval lui apportait toujours un redoublement d'angoisses. Le démon, comme on doit bien le penser, ne l'épargnait pas et la poursuivait de tentations continuelles. Elle était souvent obsédée d'une abominable tentation de gourmandise, et quand elle entrait au réfectoire, le dégoût faisait place a la tentation, et elle ne pouvait manger. Elle était aussi tentée de vaine gloire, et plus souvent, de désespoir. Satan, ne pouvant la vaincre, lui apparaissait sous des formes épouvantables :«Maudite que tu es, je te poursuivrai partout», lui disait-il, «et t'attraperai». Avec le signe de la croix elle se débarrassait de lui.
Quand le second triennat de la Mère Greyfié fut expiré, on lui donna pour remplaçante Marie-Christine Melin de Paray; la Bienheureuse fut nommée assistante et quelque temps après maîtresse des novices. Elle devait dans cette charge, selon les desseins de Dieu, exercer un véritable apostolat et travailler à conquérir au Cœur de Jésus les cœurs des jeunes filles qui se préparaient à entrer dans l'Ordre. Pendant ce temps, les familiarités divines de Jésus avec sa servante se renouvelaient continuellement et lui donnaient des forces pour remplir sa mission.
Marguerite-Marie montra une grande habileté dans l'emploi qui lui était confié, maniant différemment les cœurs des novices selon la diversité de leur esprit, afin de les former toutes au bon plaisir de Celui au service duquel elles sont consacrées. Elle était aidée de lumières extraordinaires qui lui manifestaient les secrets des cœurs. Elle avait avec les novices des avances cordiales et irrésistibles qui finissaient toujours par lui gagner leur pleine confiance. Elle se montra une digne fille de saint François de Sales dont elle eut toujours la discrétion et la suavité. Sans cesse elle leur parlait du Sacré-Cœur et cherchait à leur en inspirer la dévotion. Les novices l'aimaient et cherchaient à lui faire plaisir. Cette année, la fête de Sainte-Marguerite tombait un vendredi ; pour la fêter, elles s'arrangèrent de façon à rendre, ce jour-là, les premiers hommages au Sacré-Cœur. Tout fut simple dans cette fête de famille. On improvisa un autel que l'on orna de fleurs, et avec une plume et de l'encre une main inhabile traça sur le papier la figure d'un cœur enflammé surmonté d'une croix et entouré d'une couronne d'épines, et au milieu de ce cœur, elle écrivit le mot charité.
Marguerite se consacra, elle et ses novices, au Sacré-Cœur. Quelques professes invitées à prendre part à cette fête s'y refusèrent. Jésus consola la Bienheureuse de ce refus en lui faisant voir que le trésor sacré de son Cœur serait manifesté à tout l'Ordre de la Visitation, et par son moyen, au monde entier.
Une persécution nouvelle et amère lui fut suscitée par le refus qu'elle fit de sanctionner, par son suffrage, la vocation d'une jeune fille dans laquelle elle ne reconnaissait pas les marques de l'Esprit de Dieu. La famille reprit la jeune fille. Elle était puissante, et le père crut ne devoir garder aucun ménagement avec une communauté coupable à ses yeux d'accorder une pleine confiance à une fille qu'il regardait comme une folle et une visionnaire. Les plaintes eurent de l'écho, on demandait la déposition de la maîtresse des novices, en menaçant de recourir à l'autorité épiscopale. Néanmoins Marguerite-Marie resta dans sa charge, et la persécution ne se ralentit point. Elle eut grandement à souffrir ; mais ce qui lui fut surtout sensible, et ce fut la dernière épreuve de cette nature, c'est qu'on la priva de la communion du premier vendredi du mois. Dieu le permettait ainsi pour faire comprendre à la supérieure et à la Bienheureuse que toutes deux ne pouvaient rien, n'étaient que des instruments de sa volonté et qu'il fallait l'écouter sous peine de lui déplaire. La Mère Melin fut sur le point d'être punie, pour sa défense, aussi sévèrement que l'avait été la Mère Greyfié par la mort de la sœur Quarré. Une novice de grande espérance, sœur Rosalie Verchère, tomba tout à coup dangereusement malade et ne fut rappelée des portes du tombeau que quand la supérieure eut permis à la Bienheureuse de reprendre sa communion du premier vendredi de chaque mois.